Основан в 1947 году. На воронежском заводе п/я 71 (сейчас ВАСО), спортивным обществом «Крылья советов» была создана футбольная команда, которая начала выступать в чемпионате города под названием команда Сталинского района. В 1949 году команда стала чемпионом города и получила право выступать в чемпионате РСФСР, где через три года заняла второе место, и получила право выступать с 1954 года в чемпионате СССР в классе «Б», поскольку чемпион РСФСР от этой путёвки отказался. В 1979 году, после десятилетий скитаний по зонам Второй лиги, «Факел», наконец, начинает сезон в Первой лиге Чемпионата СССР. Уже через 6 лет, команда добивается права выступать в числе сильнейших клубов страны (1985). Но спустя год возвращается обратно, а в 1988 оказывается во Второй лиге. Затем опять следует взлет. 1989—1991 (Первая лига).
В 1992 году, в результате распада СССР и реорганизации советского футбола, «Факел» волею судьбы вновь играет в Высшей лиге нового Чемпионата России. Опять неудачно. За два года команда опять падает, сначала в Первую (1993), а затем и во Вторую лигу (1994). Тогда же начинается очередной положительный виток с подъемом наверх.
В 2000 и 2001 годах «Факел» опять играет в элите Российского футбола. Как и следовало ожидать, вылетев из Высшего дивизиона, воронежский клуб, транзитом через Первый (2002—2003) опускается во Второй (2004). За один год «Факел» возвращается в Первый дивизион.
В конце 2001, начале 2002 года планировалось переименовать команду в «Энергия», из-за неблагозвучного именования команды на английском языке, переименование вызвало возмущение среди поклонников, в результате чего оно было отменено.
Сезон 2005 года воронежский «Факел» закончил на последнем спасительном 17-м месте от вылета во Второй дивизион.
Сезон 2006 года воронежский «Факел» закончил на 19-м месте и вылетел во Второй дивизион.
После вылета во второй дивизион в 2006 году из-за финансовых проблем команда лишилась профессионального статуса.
В 2007 году в первенстве ЛФЛ, МОА Черноземье «Факел» занял 16 место из 17 участников.
В 2008 году в первенстве ЛФЛ, МОА Черноземье «Факел» занял 6 место.
В декабре 2008 года в команде произошли большие перемены. Руководство Воронежской области после двухлетнего перерыва обратило внимание на футбольный клуб «Факел». Команде была оказана финансовая поддержка областного бюджета. Костяком команды стали игроки команды ФЦШ-73. В межсезонье 2009 «Факел-Воронеж» готовится к выступлению в зоне Центр Второго Дивизиона Первенства России.
